1、0.1-0.2mol/L NaOH水溶液（ABA-5PW柱不適用）
測定狀態下，用0.1-0.2mol/L的NaOH水溶液通過樣品進樣閥清洗數次（3-5回）。
2、20-40% 醋酸水溶液
與上述NaOH水溶液的清洗方法相同。
3、在淋洗液中添加水溶性有機溶劑（疏水性吸附物質的去除）
在淋洗液中添加甲醇、乙腈等水溶性有機溶劑（濃度《20%）進行過柱清洗。（注意鹽的析出）
4、在淋洗液中添加尿素、中性界面活性劑（難溶性蛋白的去除）
在淋洗液中添加6-8mol/L的尿素或0.2-0.3%的中性界面活性劑（Triton、Tween、Brij等）后進行過柱清洗。但需注意尿素及界面活性劑的柱中殘留。

     通常情況下，使用方法1和2便可將吸附物質去除。如果方法1和2不能恢復柱效，則可使用方法3和4。注意，在附吸成分其吸附力極強時，即使進行過清洗，柱性能也有可能得不到恢復。